Il patrimonio bibliografico della Marucelliana subì un importante accrescimento in occasione delle soppressioni delle istituzioni religiose.

Con le opere che fecero il loro ingresso in biblioteca in queste circostanze la raccolta libraria acquistò una diversa consistenza e completò, soprattutto per il settore più antico, le lacune dell’originaria libreria del Marucelli che comprendeva per lo più edizioni a lui coeve.

Un importante acquisto di opere provenienti dalla Compagnia di Gesù era stato effettuato dal Bandini.

Successivamente, a seguito delle soppressioni napoleoniche, vennero depositati in biblioteca numerosissimi volumi provenienti dai più diversi conventi, quali per esempio S. Spirito, S. Maria Novella, Badia fiorentina, Vallombrosa, Ognissanti, Montughi ecc. Questi libri riportano frequentemente nelle carte iniziali il nome dell’istituzione religiosa e il numero progressivo che fu loro assegnato al momento dell’inventariazione da parte della Commissione degli oggetti d’arte e scienze del Dipartimento dell’Arno. Di questa commissione fece parte anche Francesco Del Furia, che succedette al Bandini nella direzione della biblioteca dal 1803. Fu questa una fortunata occasione per la biblioteca perché permise una certa selezione nelle opere assegnate alla Marucelliana. Quando, a seguito della Restaurazione, la Chiesa pretese la restituzione del patrimonio confiscato, il Del Furia trattenne molte opere che, per la loro rarità o per essere edizioni particolari, ritenne opportuno destinare ad uso pubblico.

Con la soppressione del 1866, pervennero infine in Marucelliana complessivamente 40.000 volumi per lo più provenienti dalla SS. Annunziata e dall’Abbazia di Vallombrosa. Da quest’ultima provengono circa 2000 cinquecentine e 50 incunaboli. Attualmente la Marucelliana possiede circa 8000 cinquecentine e 500 incunaboli. I volumi manoscritti ammontano a 2500, le lettere e i documenti sciolti a 30.400. Attualmente la biblioteca prosegue nella politica di acquisizioni con il fine di integrare il posseduto effettuando anche acquisti in antiquariato.